El Valle del Colca ha estado habitado desde hace más de 1,500 años, originariamente por grupos étnicos anteriores a los Incas, Ando Incas, quienes desarrollaron un complejo sistema agrícola basado en terrazas a lo largo de las laderas del valle. En el pasado, las terrazas cubrían más de 10,000 hectáreas (24,700 acres) del valle. En la actualidad secciones de este sistema de terrazas siguen siendo utilizadas por los lugareños. Otro testimonio de la grandeza de estas culturas andinas son los almacenes Incas para la cosecha, los que se siguen utilizando con el mismo propósito hoy en día.

En tiempos de la colonia española los Collaguas y los Cabanas levantaron sus pueblos e iglesias a lo largo del cañón, tras un edicto del Virrey Toledo que ordenara que la población indígena del valle se concentrara en sólo 14 villas.

Ejemplos de estas construcciones aún se conservan, incluyendo una de las más antiguas iglesias del Perú, la Iglesia de Santiago Apóstol construida en 1569, la que aún se puede visitar en Coporaque. Más aún, las iglesias de otras villas están siendo restauradas por sus vecinos, con exquisitez y precisión histórica.

Para los que no viven en el área, el acceso al Cañón del Colca se tornó más fácil en 1980, cuando el proyecto de irrigación de las pampas de Majes, incluyó la construcción de una carretera hacia el Colca. Este proyecto de irrigación desvía las aguas del río Colca hacia las zonas agrícolas de Majes.